腐乳前期培菌（發酵），主要是將純微生物菌種接于豆腐坯表面（菌種以毛霉菌為多數）。經培養48~72h,讓毛霉菌體包裹豆腐坯，形成“毛坯”。其目的有兩個，一使豆腐坯表面長成菌膜，形成腐乳傳統特色。其次在培養過程
中讓毛霉分泌大量酶系，特別是蛋白酶系為主要酶系，利用其水解豆腐坯中大豆蛋白質生成二肽、三肽及游離氨基酸等物質，使豆腐坯變成色、香、味、體腐乳產品。
但是在前期培菌（發酵）過程中由于受生產條件與環境制，容易受空第1頁
氣環境雜菌感染和設備條件有限造成污染，經常出現豆腐坯表面自然出水、發黏、發紅、發黃、氨氣等現象，行話稱“臭籠”。特別每年到梅雨潮濕季節更為嚴重，在發酵過程中，不讓雜菌污染發生，就必須探索腐乳發酵新工藝思
路，改革前期培菌（發酵）工序。豆腐坯不經毛霉菌培養過程，而將酶系直接加入豆腐坯進行后發酵。隨著科學技術進步，分析方法提高，對腐乳發酵機理及前期培菌（發酵）中毛霉所分泌有關酶以及相關微生物加深了解和認識，為酶法腐乳研究奠定了基礎。
20世紀90年代在老前輩包啟安教授啟示下，試驗用發酵劑（酶）進行腐乳發酵，摸索部分發酵機理，同時參考《毛霉蛋白酶在腐乳成熟中的作用》等相關資料，使酶法腐乳研究試驗進一步發展。因酶法腐乳不是單純酶水解，而是一個完整工程試驗，為此在研究試驗中先后設定豆漿點漿、白坯水分、白坯處理，酶的品種及微生物選擇和發酵試驗。其中包括腐乳汁發酵試驗。經過幾十次不同發酵及篩優，取得較為滿意和符合質量標準樣品。
